Theo nghị định liên bộ số 1155 LB/NĐ ngày 15-11-1955 của Liên bộ Quốc phòng – Y tế – Tài chính, Bệnh viện 71 được điều chuyển từ sự quản lý của Cục Quân Y (Bộ Quốc phòng) sang thuộc quyền quản lý của Bộ Y tế. Với mốc thời gian này, năm 1955 đánh dấu sự trưởng thành sau 5 năm thành lập và là mốc lịch sử quan trọng trong quá trình đi lên của Bệnh viện 71. Từ năm 1959, theo quyết định số 608/BYT/NĐ ngày 31/7/1959 của Bộ Y tế quy định ngoài nhiệm vụ chủ yếu của Bệnh viện 71 là thu dung điều trị bệnh nhân lao quân đội do Cục Quân y chuyển đến, Bệnh viện còn điều trị bệnh lao cho các đối tượng sau:

• Cán bộ nhân viên các cơ quan hành chính sự nghiệp trong biên chế nhà nước. Cán bộ công nhân viên các nông lâm trường, xí nghiệp quốc doanh.
• Quân nhân phục viên về xã chưa quá 2 năm

• Khám bệnh và điều trị ngoại trú cho nhân dân tỉnh Thanh Hoá

• Phát hiện và điều trị lao cho Cán bộ, công nhân viên và nhân dân trong toàn tỉnh sở tại.

Đầu năm 1960 Bệnh viện 71 chuyển từ Chợ Nhàng về đóng tại cơ sở mới ở gần Núi Voi thuộc xã Đông Vệ, ngoại vi Thị Xã Thanh Hoá ( Địa điểm này hiện nay là Bệnh viện Đa khoa Tỉnh Thanh Hoá, do đó nhiều người vẫn gọi nhầm nơi đây là bệnh viện 71). Những bức ảnh tư liệu hiếm hoi còn lưu trữ được đến nay cho thấy cơ sở vật chất của Bệnh viện 71 tại Ngã Ba Voi cũng rất đơn sơ, chỉ có mấy dãy nhà mái ngói, tường xây gạch. Nhưng phong trào thi đua công tác chuyên môn và phấn đấu vì Miền Nam ruột thịt trong cán bộ công nhân viên thì luôn luôn bừng sáng và rất sôi nổi. Bệnh viện 71 lúc đó không những là một bệnh viện lá cờ đầu của ngành y tế Miền Bắc về chuyên môn ngành lao mà còn tham gia tích cực các phong trào ca hát, thể thao của Tỉnh Thanh Hoá. Nhiều cá nhân xuất sắc đã được uỷ ban hành chính tỉnh Thanh Hoá trao tặng các danh hiệu thi đua cao quý./

Hoà cùng khí thế cách mạng của Miền Bắc XHCN bước vào kế hoạch 5 năm lần thứ nhất, xây dựng cơ sở vật chất đi lên CNXH và tích cực chi viện cho chiến trường Miền nam, đấu tranh thống nhất Tổ Quốc, Bệnh viện 71 Thanh Hoá đã đẩy mạnh phong trào thi đua sôi nổi và đều khắp trong toàn thể CB công nhân viên. Các chế độ chuyên môn được chấn chỉnh và duy trì, đưa công tác khám bệnh và điều trị lao cho tất cả các đối tượng quy định đạt được những kết quả tốt đẹp. Trong thời kỳ này, Bệnh viện 71 đã thu dung điều trị lao cho quân đội là chủ yếu. Bên cạnh đó Bệnh viện cũng tích cực tham gia công tác chỉ đạo tuyến trước, đặc biệt là xây dựng các “xa-na” điều trị lao tại địa bàn xã (Xa-na là tên gọi của mô hình điều trị lao tại cơ sở rất phổ biến trong những năm 60). Công tác tuyên truyền và tiêm phòng lao bằng vac-xin BCG được đẩy mạnh.

Năm 1964 Bác sĩ Phan Quang Chấn chuyển đi công tác khác, Bác sĩ Nguyễn Đức Khoan được cử làm Giám đốc Bệnh viện 71 Thanh Hoá.Trong thời kỳ này Bệnh viện 71 đã phối hợp với Ty Y tế Thanh Hoá và Bệnh viện Chống lao trung ương tích cực triển khai các chiến dịch đẩy lùi căn bệnh lao nguy hiểm đang tồn tại dai dẳng trong cộng đồng. Nhiều trường hợp lao nặng điển hình đã được điều trị thành công bằng thuốc men và phương tiện rất thiếu thốn hồi đó. Màng lưới các xa-na điều trị lao trên địa bàn Thanh Hoá đã phát huy tác dụng, góp phần quan trọng vào công tác phòng chống lao trên Miền Bắc lúc bấy giờ. Theo số liệu của Bác sĩ Nguyễn Đình Hường, nguyên giám đốc Bệnh viện lao trung ương thì năm 1965 trên toàn Miền Bắc có 240 cơ sở xa-na điều trị lao, công tác tiêm phòng BCG cho nhân dân được triển khai rộng rãi với kết quả là trong 5 năm từ 1961-1965 đã có 1,3 triệu trẻ sơ sinh và gần 20 triệu lượt người lớn đã được tiêm phòng lao trên toàn Miền Bắc. Riêng Bệnh viện 71 trong thời kỳ này đã thu dung điều trị cho 924 bệnh nhân lao quân đội, 1.965 bệnh nhân lao cán bộ và 15.428 bệnh nhân lao nhân dân. Trong 10 năm sau ngày hoà bình lập lại trên Miền Bắc ( 1955-1965) Cán bộ công nhân viên bệnh viện 71 đã nỗ lực công tác, từng bước đi lên chính quy hiện đại, xây dựng cơ sở vật chất theo phương châm đại hội đảng toàn quốc lần thứ III năm 1960 đã nêu: “tiêm BCG cho trẻ em để phòng lao, dùng những biện pháp hiệu quả nhất và thích hợp nhất phù hợp với điều kiện của nhân dân ta để điều trị lao cho người lớn” góp phần tích cực vào công cuộc phòng chống lao trên miền Bắc XHCN.